A társaság létrejötte arra a koncepcióra vezethető vissza, amelynek alapján az Állami Vagyonügynökség (ÁVÜ) a tulajdonában maradó kisebbségi részesedéseket és a tőkepiacon önállóan megjelenni képtelen cégek részvényeit befektetési alapokhoz hasonlóan működő részvénytársaságokba apportálta, majd ezek részvényeit nyilvánosan értékesítette volna. A Pannon-Váltó ennek a "programnak" az első állomása volt, melyet a mai napig egy hasonló, a Forrás Rt. nyilvános részvénycseréje követett. Jogelődjét 1994. novemberében Váltó Vagyonkezelő és Kereskedelmi Kft. néven 60M Ft törzstőkéjű egyszemélyes társaságként hozta létre az ÁVÜ, majd nem sokkal az alapítás után Pannon-Váltó Vagyonkezelő és Kereskedelmi Rt. néven részvénytársasággá alakult, jegyzett tőkéje - az időközben további tulajdonrészek apportálásával lezajlott két alaptőke-emelés nyomán -1,75 Mrd Ft-ra emelkedett.

Az induló portfólióban 932 M Ft névértékben társasági részesedések (többek között 110,7 M Ft névértékű Danubius-, 350 M Ft névértékű Centrum-, 85 M Ft névértékű Graboplast-törzsrészvény, 36,6 M Ft névértékű Globus-, 19 M Ft névértékű Chinoin törzsrészvény), 668,6 M Ft névértékben diszkontkincstárjegyek, 34 M Ft-ra értékelve pedig ingatlanok voltak. Az apport értékét összesen 2,104 Mrd Ft-ban határozták meg. Az ÁVÜ 1995. márciusában nyilvános forgalomba hozatal során kárpótlásijegy-cserével 70%-os részvénycsomagot alanyi kárpótoltaknak értékesített. A részvényt 1995 júniusában bevezették a BÉT-re. A maradék 30%-ot csak 1997 januárjában adták át a két társadalombiztosítási önkormányzatnak, 1998 júniusában végül a két tb-önkormányzat is eladta pakettjét.

A Pannon-Váltó Rt. induló portfóliójában összesen 1,2 Mrd Rt könyv szerinti értéken szerepeltek kevéssé vagy egyáltalán nem likvid részvények. Ezek leértékelésével, illetve a értékesítésével 1995-ben megközelítőleg 600 MFt, 1996-ban 46,7 M Ft veszteséget könyvelt el. A működésből származó nyereség csak részben ellensúlyozta a tőkevesztést. A portfólió tisztítás az Alfa- és a Centrum-részesedés eladásával 1997-ben végleg lezárult, azóta főként az értékpapírpiacon (ezen belül is mindinkább a részvény- és a határidős piacokon), illetve 2000-től már részben az ingatlanpiacon tevékenykedik.

A 2003. évben a társaság a jogszabályok előírásainak megfelelően döntött a részvények dematerializálásáról azaz a korábbi papíros formátumú részvények érvényüket veszítették.